سیستم فاضلاب بهداشتی (Sanitary Drainage) در اتاق تمیز وظیفه دارد آب حاصل از شستشو، تمیزکاری تجهیزات، سینک‌های شستشوی ابزار و حتی آب ناشی از فعالیت کارکنان را به‌طور ایمن و بهداشتی هدایت و خارج کند. به دلیل حساسیت بالای این محیط‌ها، طراحی این سیستم باید به نحوی انجام شود که هیچ‌گونه برگشت آلودگی یا انتشار ذرات و میکروارگانیسم‌ها به محیط انجام نشود. این اهمیت زمانی بیشتر می‌شود که بدانیم اتاق‌های تمیز اغلب با فشار مثبت کار می‌کنند و کوچک‌ترین نشت گاز فاضلاب یا میکروب‌ها می‌تواند کیفیت کل خط تولید را به خطر بیندازد.

یکی از موضوعات کلیدی در این سیستم، طراحی نقاط تخلیه است. دهانه‌های فاضلاب کف یا Floor Drain باید از استیل ضدزنگ 304 یا 316 ساخته شوند و به‌صورت Flush Mount (همسطح با کف) نصب شوند تا جریان هوا و حرکت پرسنل خللی پیدا نکند. داخل این دهانه‌ها باید حتماً سیفون یا P-Trap نصب شود تا از نفوذ گازهای نامطبوع و ذرات معلق از شبکه فاضلاب به محیط تمیز جلوگیری شود. برخی پروژه‌ها از سیفون‌های خشک (Dry Trap) یا Seal-Tight Trap با دریچه مکانیکی استفاده می‌کنند که نیاز به آب‌بندی مداوم با آب ندارند و برای فضاهایی که تبخیر آب بالا است، ایده‌آل هستند.

از نظر متریال لوله‌کشی، انتخاب بین PVC-C، PP-H، یا استیل ضدزنگ بستگی به دمای آب، میزان خورندگی، و سطح بهداشتی مورد انتظار دارد. در خطوطی که امکان عبور آب گرم یا شوینده‌های قوی وجود دارد، استیل ضدزنگ با جوشکاری آرگون و پولیش داخلی بهترین گزینه است. برای تخلیه آب سرد یا شیمیایی ملایم، پلیمرهای مقاوم در برابر حرارت و مواد شیمیایی ترجیح داده می‌شوند. تمام خطوط باید به‌گونه‌ای طراحی شوند که شیب یکنواخت 1%–2% داشته باشند تا ماندآبی ایجاد نشود و تخلیه کامل صورت گیرد.

از نظر کنترل بهداشت، استفاده از فیلترهای HEPA یا کربن فعال در سیستم تهویه فاضلاب (Vent)، و نصب Clean-Out Ports یا دریچه‌های بازرسی در مسیر اهمیت زیادی دارد. این کار باعث می‌شود که تمیزکاری و رفع گرفتگی‌ها بدون نیاز به باز کردن گسترده سیستم انجام شود. همچنین، محل قرارگیری دهانه‌های تخلیه باید دور از مسیر جریان اصلی هوای تمیز باشد تا احتمال انتقال ذرات از فاضلاب به مناطق کاری حساس به صفر برسد. رعایت دقیق الزامات استانداردهای ISO 14644، FDA cGMP و WHO TRS در این بخش، تضمین می‌کند که سیستم تخلیه بهداشت را نه‌تنها حفظ می‌کند، بلکه به کنترل آلودگی محیطی کمک می‌کند و ریسک توقف خط تولید به دلیل آلودگی را کاهش می‌دهد.