طراحی و اجرای پانل‌های اتاق تمیز باید مطابق استانداردهای GMP انجام گیرد. استفاده از پانل‌های با سطح صاف و آب‌بندی کامل الزامی است تا از تجمع گرد و غبار و ذرات آلاینده جلوگیری شود. تمامی درزها باید با سیلیکون ضد باکتری درزگیری شوند تا امکان رشد میکروارگانیسم‌ها به حداقل برسد. مسیرهای عبور تجهیزات و کارکنان باید با درب‌های ایزوله کنترل شوند و فشار مثبت پایدار در کل اتاق حفظ شود تا از ورود هوای بیرون جلوگیری گردد.

کف‌پوش اتاق باید آنتی‌استاتیک و مقاوم به مواد شیمیایی انتخاب شود. اتصال کف به پانل‌ها باید با قرنیز منحنی اجرا شود تا تمیزکاری آسان شود. نصب سیستم تهویه با فیلترهای HEPA در سقف الزامی است تا حداقل ۹۹/۹۷٪ ذرات زیر ۰.۳ میکرون حذف گردند. استفاده از پانل‌های ورق گالوانیزه با رنگ ضد خوردگی توصیه می‌شود.

پیش از بهره‌برداری، فشار هوا، میزان ذرات معلق و آب‌بندی پانل‌ها باید آزمایش شوند. خطوط نورپردازی باید با قاب ایزوله نصب شوند و از پانل‌های پیش‌ساخته با قفل مخفی برای سرعت و دقت بیشتر اجرا استفاده شود. این اقدامات باید به کاهش هزینه‌ها و زمان نصب منجر گردد.