در اتاق‌های تمیز صنایع حساس مثل داروسازی، بیوتکنولوژی، میکروالکترونیک و تجهیزات پزشکی، سیستم فاضلاب یا تخلیه از تجهیزات (Process Drainage) باید به گونه‌ای طراحی شود که آلودگی از تجهیزات یا فرآیند، به محیط یا سایر سیستم‌ها منتقل نشود. فاضلاب فرآیندی می‌تواند شامل آب‌های شستشو، محلول‌های شیمیایی، سیالات کندانس بخار، یا باقی‌مانده فرآیندهای CIP/SIP باشد.

متریال لوله‌ها در این سیستم اهمیت زیادی دارد. معمولاً استیل ضدزنگ 316L یا 304L برای خطوط تخلیه مرطوب با دمای بالا و مقاومت شیمیایی متوسط استفاده می‌شود. در مواردی که مواد شیمیایی خورنده شدید یا pH پایین/بالا وجود دارد، از لوله‌های PVDF، PP-H یا PTFE استفاده می‌شود. تمام جوش‌ها باید به‌صورت Sanitary TIG Welding انجام شوند تا از تجمع رسوب و میکروارگانیسم‌ها جلوگیری شود.

طراحی شیب در خطوط فاضلاب فرآیندی بسیار مهم است. برای جلوگیری از ماندآبی، خطوط باید شیبی بین 1% تا 2% داشته باشند. همچنین، نباید هیچ نقطه‌ای وجود داشته باشد که امکان تشکیل Dead Leg یا ماندآب در آن باشد، چون این امر محل بالقوه رشد باکتری و بیوفیلم می‌شود. اتصالات باید کمینه باشند و در صورت نیاز، مسیرها کوتاه و مستقیم طراحی شوند.

این سیستم معمولاً به واحدهای Neutralization یا Pre-Treatment متصل می‌شود تا سیالات قبل از ورود به شبکه اصلی فاضلاب یا سیستم تصفیه، از نظر pH و بار آلودگی شیمیایی و بیولوژیکی خنثی شوند. رعایت استانداردهایی مانند ASME BPE، ISO 14644 و GMP Annex 1 در طراحی و راه‌اندازی، برای اطمینان از مطابقت با الزامات کیفی و ایمنی الزامی است.